MLH1/MSH2/MSH6/PMS2遺伝子がコードしているタンパクが発現しているかどうかを調べる検査です。がんの病変組織を材料にして検査を行います。それらの遺伝子がコードしているタンパクに特異的に結合する抗体をつかって、タンパクが発現しているかどうかを調べます。
IHC検査でタンパクが発現していないことが分かっても、その遺伝子のエクソンに病的変異が検出されない場合もあります。それは、遺伝子の5’上流にあるプロモーター領域（遺伝子の発現を制御している領域）に変異がある場合や、プロモーター領域の異常（メチル化による遺伝子発現の低下）が原因になっていることなどが考えられています。メチル化は、DNAの塩基配列の変化ではなく、DNAの修飾状態の変化（塩基シトシンにメチル基が付加）によるものですので、一般的なダイレクトシークエンシング法では検出することができません。

IHC検査は、臨床的な利用に向けて研究が行われている段階であり、実施することのできる医療機関は限られています。また、日本では保険適応になっておりません（2009年4月現在）。